Class Index
_
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a
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b
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c
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d
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e
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f
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g
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h
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i
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j
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k
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l
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m
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n
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o
|
p
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q
|
r
|
s
|
t
|
u
|
v
|
w
|
x
|
z
_
FindContourSurface
(
PLMD::gridtools
)
PathBase
(
PLMD::mapping
)
FindSphericalContour
(
PLMD::gridtools
)
PathMSD
(
PLMD::colvar
)
Tools::_Unique_if
(
PLMD
)
fio_iovec
(
PLMD::molfile
)
PathMSDBase
(
PLMD::colvar
)
Tools::_Unique_if< T[]>
(
PLMD
)
FISST
(
PLMD::fisst
)
PathReparameterization
(
PLMD::mapping
)
Tools::_Unique_if< T[N]>
(
PLMD
)
FitToTemplate
(
PLMD::generic
)
PathTools
(
PLMD::mapping
)
a
FixedAtom
(
PLMD::vatom
)
Pbc
(
PLMD
)
FlexibleBin
(
PLMD
)
PBMetaD
(
PLMD::bias
)
ABMD
(
PLMD::bias
)
Flush
(
PLMD::generic
)
PCA
(
PLMD::dimred
)
Action
(
PLMD
)
ForwardDecl
(
PLMD
)
PCARMSD
(
PLMD::colvar
)
ActionAnyorder
(
PLMD
)
FourierTransform
(
PLMD::gridtools
)
PCAVars
(
PLMD::mapping
)
ActionAtomistic
(
PLMD
)
FretEfficiency
(
PLMD::isdb
)
PDB
(
PLMD
)
ActionOptions
(
PLMD
)
FuncPathGeneral
(
PLMD::function
)
PdbRenumber
(
PLMD::cltools
)
ActionPilot
(
PLMD
)
FuncPathMSD
(
PLMD::function
)
PesMD
(
PLMD::cltools
)
ActionRegister
(
PLMD
)
FuncSumHills
(
PLMD::function
)
Piecewise
(
PLMD::function
)
ActionSet
(
PLMD
)
Function
(
PLMD::function
)
PIV
(
PLMD::piv
)
ActionSetup
(
PLMD
)
FunctionVessel
(
PLMD::vesselbase
)
PlaceholderFunction
(
PLMD::lepton
)
ActionShortcut
(
PLMD
)
Funnel
(
PLMD::funnel
)
Plumed
(
PLMD::generic
)
ActionVolume
(
PLMD::multicolvar
)
FUNNEL_PS
(
PLMD::funnel
)
plumed
ActionWithArguments
(
PLMD
)
g
Plumed
(
PLMD
)
ActionWithAveraging
(
PLMD::vesselbase
)
plumed_error
ActionWithGrid
(
PLMD::gridtools
)
MetaD::Gaussian
(
PLMD::bias
)
PlumedMain::plumed_error_handler
(
PLMD
)
ActionWithInputGrid
(
PLMD::gridtools
)
PBMetaD::Gaussian
(
PLMD::bias
)
plumed_function_holder
ActionWithInputMatrix
(
PLMD::adjmat
)
GenericMolInfo
(
PLMD
)
plumed_nothrow_handler
ActionWithInputVessel
(
PLMD::vesselbase
)
GenExample
(
PLMD::cltools
)
plumed_nothrow_handler_x
ActionWithIntegral
(
PLMD::gridtools
)
GenTemplate
(
PLMD::cltools
)
plumed_plumedmain_function_holder_x
ActionWithValue
(
PLMD
)
GHBFIX
(
PLMD::colvar
)
plumed_safeptr
ActionWithVessel
(
PLMD::vesselbase
)
Ghost
(
PLMD::vatom
)
plumed_safeptr_x
ActionWithVirtualAtom
(
PLMD
)
Gradient
(
PLMD::crystallization
)
plumed_symbol_table_type_x
AdaptivePath
(
PLMD::mapping
)
GradientVessel
(
PLMD::crystallization
)
PlumedHandle
(
PLMD
)
AdjacencyMatrixBase
(
PLMD::adjmat
)
GREX
(
PLMD
)
PlumedMain
(
PLMD
)
AdjacencyMatrixVessel
(
PLMD::adjmat
)
Grid
(
PLMD
)
PolymerAngles
(
PLMD::crystallization
)
AlignedMatrixBase
(
PLMD::adjmat
)
GridBase
(
PLMD
)
Position
(
PLMD::colvar
)
AlphaBeta
(
PLMD::multicolvar
)
GridIntegrationWeights
(
PLMD::ves
)
PRE
(
PLMD::isdb
)
AlphaRMSD
(
PLMD::secondarystructure
)
GridLinearInterpolation
(
PLMD::ves
)
Print
(
PLMD::generic
)
AltMin
(
PLMD::vesselbase
)
GridPrintingBase
(
PLMD::gridtools
)
PrintDissimilarityMatrix
(
PLMD::analysis
)
AnalysisBase
(
PLMD::analysis
)
GridSearch
(
PLMD::gridtools
)
ProbWeight
(
PLMD
)
Angle
(
PLMD
)
GridToXYZ
(
PLMD::gridtools
)
ProjectionOnAxis
(
PLMD::colvar
)
Angle
(
PLMD::colvar
)
GridVessel
(
PLMD::gridtools
)
ProjectNonLandmarkPoints
(
PLMD::dimred
)
Angles
(
PLMD::multicolvar
)
Group
(
PLMD::generic
)
PropertyMap
(
PLMD::colvar
)
ANN
(
PLMD::function::annfunc
)
Gyration
(
PLMD::colvar
)
PropertyMap
(
PLMD::mapping
)
ANN
(
PLMD::annfunc
)
h
Puckering
(
PLMD::colvar
)
AntibetaRMSD
(
PLMD::secondarystructure
)
q
ArgumentOnlyDistance
(
PLMD
)
Stopwatch::Handler
(
PLMD
)
AsmJitRuntimePtr
(
PLMD::lepton
)
Subprocess::Handler
(
PLMD
)
Q3
(
PLMD::crystallization
)
Exception::Assertion
(
PLMD
)
HBondMatrix
(
PLMD::adjmat
)
Q4
(
PLMD::crystallization
)
AtomNumber
(
PLMD
)
HBPammHydrogens
(
PLMD::pamm
)
Q6
(
PLMD::crystallization
)
Atoms
(
PLMD
)
HBPammMatrix
(
PLMD::pamm
)
r
AtomValuePack
(
PLMD::multicolvar
)
HBPammObject
(
PLMD::pamm
)
Average
(
PLMD::analysis
)
Highest
(
PLMD::vesselbase
)
Random
(
PLMD
)
AverageOnGrid
(
PLMD::gridtools
)
Histogram
(
PLMD::analysis
)
Random_Acceleration_MD
(
PLMD::maze
)
AverageVessel
(
PLMD::analysis
)
Histogram
(
PLMD::vesselbase
)
Random_Walk
(
PLMD::maze
)
AveragingVessel
(
PLMD::vesselbase
)
HistogramBead
(
PLMD
)
RandomExchanges
(
PLMD::generic
)
b
HistogramOnGrid
(
PLMD::gridtools
)
RDC
(
PLMD::isdb
)
i
Read
(
PLMD::generic
)
BasisFunctions
(
PLMD::ves
)
ReadAnalysisFrames
(
PLMD::analysis
)
Between
(
PLMD::vesselbase
)
IFile
(
PLMD
)
ReadDissimilarityMatrix
(
PLMD::analysis
)
BF_Chebyshev
(
PLMD::ves
)
PathMSDBase::ImagePath
(
PLMD::colvar
)
ReferenceArguments
(
PLMD
)
BF_Combined
(
PLMD::ves
)
PathMSDBase::imgOrderByDist
(
PLMD::colvar
)
ReferenceAtoms
(
PLMD
)
BF_Cosine
(
PLMD::ves
)
PathMSDBase::imgOrderBySimilarity
(
PLMD::colvar
)
ReferenceConfiguration
(
PLMD
)
BF_CubicBsplines
(
PLMD::ves
)
Include
(
PLMD::generic
)
ReferenceConfigurationOptions
(
PLMD
)
BF_Custom
(
PLMD::ves
)
Info
(
PLMD::cltools
)
ReferenceValuePack
(
PLMD
)
BF_Fourier
(
PLMD::ves
)
InPlaneDistances
(
PLMD::multicolvar
)
Communicator::Request
(
PLMD
)
BF_Gaussians
(
PLMD::ves
)
IntegrateGrid
(
PLMD::gridtools
)
Rescale
(
PLMD::isdb
)
BF_Legendre
(
PLMD::ves
)
IntermolecularDRMSD
(
PLMD
)
ReselectLandmarks
(
PLMD::analysis
)
BF_Powers
(
PLMD::ves
)
InterMolecularTorsions
(
PLMD::crystallization
)
ResetCell
(
PLMD::generic
)
BF_Sine
(
PLMD::ves
)
InterpolateGrid
(
PLMD::gridtools
)
Restart
(
PLMD::setup
)
BF_Wavelets
(
PLMD::ves
)
IntramolecularDRMSD
(
PLMD
)
Restraint
(
PLMD::bias
)
Bias
(
PLMD::bias
)
Plumed::Invalid
(
PLMD
)
ReweightBase
(
PLMD::bias
)
BiasRepresentation
(
PLMD
)
j
ReweightBias
(
PLMD::bias
)
BiasValue
(
PLMD::bias
)
ReweightMetad
(
PLMD::bias
)
BiasWeight
(
PLMD
)
JCoupling
(
PLMD::isdb
)
ReweightTemperaturePressure
(
PLMD::bias
)
BondOrientation
(
PLMD::crystallization
)
k
ReweightWham
(
PLMD::bias
)
Brent1DRootSearch
(
PLMD
)
CS2Backbone::RingInfo
(
PLMD::isdb
)
Bridge
(
PLMD::multicolvar
)
OPESmetad::kernel
(
PLMD::opes
)
RMSD
(
PLMD
)
BridgedMultiColvarFunction
(
PLMD::multicolvar
)
KernelFunctions
(
PLMD
)
RMSD
(
PLMD::colvar
)
BridgeVessel
(
PLMD::vesselbase
)
Keywords::KeyType
(
PLMD
)
RMSDBase
(
PLMD
)
c
Keywords
(
PLMD
)
RMSDCoreData
(
PLMD
)
kt
(
PLMD::cltools
)
rnd
(
PLMD::maze
)
Caliber
(
PLMD::isdb
)
l
RootFindingBase
(
PLMD
)
CatomPack
(
PLMD::multicolvar
)
MatrixSquareBracketsAccess::Row
(
PLMD
)
Cell
(
PLMD::colvar
)
LandmarkSelectionBase
(
PLMD::analysis
)
s
Center
(
PLMD::vatom
)
LandmarkStaged
(
PLMD::analysis
)
CenterOfMultiColvar
(
PLMD::multicolvar
)
LatticeReduction
(
PLMD
)
S2ContactModel
(
PLMD::s2cm
)
CS2Backbone::ChemicalShift
(
PLMD::isdb
)
Plumed::LeptonException
(
PLMD
)
Plumed::SafePtr
(
PLMD
)
Citations
(
PLMD
)
LessThan
(
PLMD::vesselbase
)
SASA_HASEL
(
PLMD::sasa
)
ClassicalMultiDimensionalScaling
(
PLMD::dimred
)
LinearBasisSetExpansion
(
PLMD::ves
)
SASA_LCPO
(
PLMD::sasa
)
CLTool
(
PLMD
)
LinkCells
(
PLMD
)
SAXS
(
PLMD::isdb
)
CLToolMain
(
PLMD
)
Load
(
PLMD::setup
)
SecondaryStructureRMSD
(
PLMD::secondarystructure
)
CLToolOptions
(
PLMD
)
LOCAL_Q3
(
PLMD::crystallization
)
Select
(
PLMD::isdb
)
CLToolRegister
(
PLMD
)
LOCAL_Q4
(
PLMD::crystallization
)
Selector
(
PLMD::isdb
)
CLToolSumHills
(
PLMD::cltools
)
LOCAL_Q6
(
PLMD::crystallization
)
SelectRandomFrames
(
PLMD::analysis
)
ClusterAnalysisBase
(
PLMD::adjmat
)
LocalAverage
(
PLMD::multicolvar
)
SelectWithStride
(
PLMD::analysis
)
ClusterDiameter
(
PLMD::adjmat
)
LocalEnsemble
(
PLMD::function
)
ShortcutVessel
(
PLMD::vesselbase
)
ClusterDistribution
(
PLMD::adjmat
)
LocalSteinhardt
(
PLMD::crystallization
)
SimpleCubic
(
PLMD::crystallization
)
ClusteringBase
(
PLMD::adjmat
)
Exception::Location
(
PLMD
)
SimpleMD
(
PLMD::cltools
)
ClusterProperties
(
PLMD::adjmat
)
Log
(
PLMD
)
SimpleRMSD
(
PLMD
)
ClusterSize
(
PLMD::adjmat
)
LogMFD
(
PLMD::logmfd
)
Simulated_Annealing
(
PLMD::maze
)
ClusterWithSurface
(
PLMD::adjmat
)
LoopUnroller
(
PLMD
)
SingleDomainRMSD
(
PLMD
)
CoeffsBase
(
PLMD::ves
)
Loss
(
PLMD::maze
)
SketchMap
(
PLMD::dimred
)
CoeffsMatrix
(
PLMD::ves
)
Lowest
(
PLMD::vesselbase
)
SketchMapBase
(
PLMD::dimred
)
CoeffsVector
(
PLMD::ves
)
LWalls
(
PLMD::bias
)
SketchMapConjGrad
(
PLMD::dimred
)
Colvar
(
PLMD
)
LWalls
(
PLMD::manyrestraints
)
SketchMapPointwise
(
PLMD::dimred
)
ColvarFake
(
PLMD::colvar
)
m
SketchMapRead
(
PLMD::dimred
)
Combine
(
PLMD::function
)
SketchMapSmacof
(
PLMD::dimred
)
Committor
(
PLMD::analysis
)
MahalanobisDistance
(
PLMD
)
SMAC
(
PLMD::crystallization
)
Communicator
(
PLMD
)
Manual
(
PLMD::cltools
)
SMACMatrix
(
PLMD::adjmat
)
CompiledExpression
(
PLMD::lepton
)
ManyRestraintsBase
(
PLMD::manyrestraints
)
SMACOF
(
PLMD::dimred
)
Completion
(
PLMD::cltools
)
Mapping
(
PLMD::mapping
)
SmacofMDS
(
PLMD::dimred
)
ConjugateGradient
(
PLMD
)
MarginalWeight
(
PLMD::ves
)
Sort
(
PLMD::function
)
MatrixSquareBracketsAccess::Const_row
(
PLMD
)
Matheval
(
PLMD::function
)
SparseGrid
(
PLMD
)
Constant
(
PLMD::colvar
)
Matrix
(
PLMD
)
SpathVessel
(
PLMD::mapping
)
Communicator::ConstData
(
PLMD
)
MatrixColumnSums
(
PLMD::adjmat
)
Sprint
(
PLMD::adjmat
)
ContactAlignedMatrix
(
PLMD::adjmat
)
MatrixRowSums
(
PLMD::adjmat
)
Stats
(
PLMD::function
)
ContactMap
(
PLMD::colvar
)
MatrixSquareBracketsAccess
(
PLMD
)
Communicator::Status
(
PLMD
)
ContactMatrix
(
PLMD::adjmat
)
Max
(
PLMD::vesselbase
)
Steered_MD
(
PLMD::maze
)
ContourFindingBase
(
PLMD::gridtools
)
MaxEnt
(
PLMD::bias
)
Steinhardt
(
PLMD::crystallization
)
convergence
(
PLMD::opes
)
md_atom
(
PLMD::molfile
)
Stopwatch
(
PLMD
)
ConvertToFES
(
PLMD::gridtools
)
md_box
(
PLMD::molfile
)
StoreDataVessel
(
PLMD::vesselbase
)
Coordination
(
PLMD::colvar
)
md_file
(
PLMD::molfile
)
Subprocess
(
PLMD
)
CoordinationBase
(
PLMD::colvar
)
md_header
(
PLMD::molfile
)
SubprocessPid
(
PLMD
)
CoordinationNumbers
(
PLMD::multicolvar
)
MD_LinearExpansionPES
(
PLMD::ves
)
Sum
(
PLMD::vesselbase
)
CS2Backbone
(
PLMD::isdb
)
md_ts
(
PLMD::molfile
)
SwitchingFunction
(
PLMD
)
CS2BackboneDB
(
PLMD::isdb
)
MDAtomsBase
(
PLMD
)
t
CubicHarmonicBase
(
PLMD::crystallization
)
MDAtomsTyped
(
PLMD
)
Custom
(
PLMD::function
)
Mean
(
PLMD::vesselbase
)
t_trnheader
(
PLMD::xdrfile
)
CustomFunction
(
PLMD::lepton
)
Member
(
PLMD::maze
)
Target
(
PLMD::function
)
d
Memetic
(
PLMD::maze
)
TargetDist
(
PLMD
)
MetaD
(
PLMD::bias
)
TargetDistModifer
(
PLMD::ves
)
Communicator::Data
(
PLMD
)
Metainference
(
PLMD::isdb
)
TargetDistribution
(
PLMD::ves
)
DataCollectionObject
(
PLMD::analysis
)
MetainferenceBase
(
PLMD::isdb
)
TD_Chi
(
PLMD::ves
)
DataFetchingObject
(
PLMD
)
MetricRegister
(
PLMD
)
TD_ChiSquared
(
PLMD::ves
)
DataFetchingObjectTyped
(
PLMD
)
Min
(
PLMD::vesselbase
)
TD_Custom
(
PLMD::ves
)
Debug
(
PLMD::generic
)
Minimise1DBrent
(
PLMD
)
TD_Exponential
(
PLMD::ves
)
tls::delete_ptr
(
PLMD::maze
)
MinimiseBase
(
PLMD
)
TD_ExponentiallyModifiedGaussian
(
PLMD::ves
)
Density
(
PLMD::multicolvar
)
MolDataClass
(
PLMD
)
TD_Gaussian
(
PLMD::ves
)
DFSClustering
(
PLMD::adjmat
)
MoleculeOrientation
(
PLMD::crystallization
)
TD_GeneralizedExtremeValue
(
PLMD::ves
)
DHEnergy
(
PLMD::colvar
)
MoleculePlane
(
PLMD::crystallization
)
TD_GeneralizedNormal
(
PLMD::ves
)
DihedralCorrelation
(
PLMD::multicolvar
)
molfile_atom_t
(
PLMD::molfile
)
TD_Grid
(
PLMD::ves
)
DimensionalityReductionBase
(
PLMD::dimred
)
molfile_graphics_t
(
PLMD::molfile
)
TD_LinearCombination
(
PLMD::ves
)
Dimer
(
PLMD::colvar
)
molfile_metadata_t
(
PLMD::molfile
)
TD_Multicanonical
(
PLMD::ves
)
Dipole
(
PLMD::colvar
)
molfile_plugin_t
(
PLMD::molfile
)
TD_MultithermalMultibaric
(
PLMD::ves
)
Direction
(
PLMD
)
molfile_qm_basis_t
(
PLMD::molfile
)
TD_ProductCombination
(
PLMD::ves
)
Tools::DirectoryChanger
(
PLMD
)
molfile_qm_hessian_t
(
PLMD::molfile
)
TD_ProductDistribution
(
PLMD::ves
)
Distance
(
PLMD::colvar
)
molfile_qm_metadata_t
(
PLMD::molfile
)
TD_Uniform
(
PLMD::ves
)
DistanceFromContour
(
PLMD::multicolvar
)
molfile_qm_sysinfo_t
(
PLMD::molfile
)
TD_VonMises
(
PLMD::ves
)
Distances
(
PLMD::multicolvar
)
molfile_qm_t
(
PLMD::molfile
)
TD_WellTempered
(
PLMD::ves
)
DLLoader
(
PLMD
)
molfile_qm_timestep_metadata
(
PLMD::molfile
)
MetaD::TemperingSpecs
(
PLMD::bias
)
Atoms::DomainDecomposition
(
PLMD
)
molfile_qm_timestep_t
(
PLMD::molfile
)
Template
(
PLMD::colvar
)
DotProductDistance
(
PLMD
)
molfile_qm_wavefunction_t
(
PLMD::molfile
)
TensorGeneric
(
PLMD
)
Driver
(
PLMD::cltools
)
molfile_timestep_metadata
(
PLMD::molfile
)
TensorGenericAux
(
PLMD
)
DRMSD
(
PLMD
)
molfile_timestep_t
(
PLMD::molfile
)
Tetrahedral
(
PLMD::crystallization
)
DRMSD
(
PLMD::colvar
)
molfile_volumetric_readwrite_t
(
PLMD::molfile
)
Time
(
PLMD::generic
)
DumpAtoms
(
PLMD::generic
)
molfile_volumetric_t
(
PLMD::molfile
)
tls
(
PLMD::maze
)
DumpCube
(
PLMD::gridtools
)
MolInfo
(
PLMD::generic
)
Tools
(
PLMD
)
DumpDerivatives
(
PLMD::generic
)
Moments
(
PLMD::vesselbase
)
TopologyMatrix
(
PLMD::adjmat
)
DumpForces
(
PLMD::generic
)
MoreThan
(
PLMD::vesselbase
)
Torsion
(
PLMD
)
DumpGraph
(
PLMD::adjmat
)
MovingRestraint
(
PLMD::bias
)
Torsion
(
PLMD::colvar
)
DumpGrid
(
PLMD::gridtools
)
MPI_Comm
(
PLMD
)
Torsions
(
PLMD::multicolvar
)
DumpMassCharge
(
PLMD::generic
)
MPI_Datatype
(
PLMD
)
Tree
(
PLMD
)
DumpMultiColvar
(
PLMD::multicolvar
)
MPI_Request
(
PLMD
)
TrigonometricPathVessel
(
PLMD::mapping
)
DumpProjections
(
PLMD::generic
)
MPI_Status
(
PLMD
)
trx_hdr
(
PLMD::molfile
)
DynamicList
(
PLMD
)
MultiColvarBase
(
PLMD::multicolvar
)
TypesafePtr
(
PLMD
)
DynamicReferenceRestraining
(
PLMD::drr
)
MultiColvarCombine
(
PLMD::multicolvar
)
u
e
MultiColvarDensity
(
PLMD::multicolvar
)
MultiColvarFilter
(
PLMD::multicolvar
)
UIestimator
(
PLMD::drr::UIestimator
)
ECVcustom
(
PLMD::opes
)
MultiColvarProduct
(
PLMD::multicolvar
)
Units
(
PLMD::setup
)
ECVlinear
(
PLMD::opes
)
MultiDomainRMSD
(
PLMD
)
Units
(
PLMD
)
ECVmultiCanonical
(
PLMD::opes
)
MultiRMSD
(
PLMD::colvar
)
UpdateIf
(
PLMD::generic
)
ECVmultiThermalBaric
(
PLMD::opes
)
MultiValue
(
PLMD
)
UWalls
(
PLMD::bias
)
ECVumbrellasFile
(
PLMD::opes
)
n
UWalls
(
PLMD::manyrestraints
)
ECVumbrellasLine
(
PLMD::opes
)
v
EDS
(
PLMD::eds
)
n_matrix
(
PLMD::drr::UIestimator
)
EEFSolv
(
PLMD::colvar
)
n_vector
(
PLMD::drr::UIestimator
)
Value
(
PLMD
)
EffectiveEnergyDrift
(
PLMD::generic
)
NeighborList
(
PLMD
)
ValueVessel
(
PLMD::vesselbase
)
EMMI
(
PLMD::isdb
)
NOE
(
PLMD::isdb
)
VectorGeneric
(
PLMD
)
EndPlumed
(
PLMD::generic
)
NormalizedEuclideanDistance
(
PLMD
)
VectorMean
(
PLMD::crystallization
)
Energy
(
PLMD::colvar
)
Plumed::NothrowHandler
(
PLMD
)
VectorMultiColvar
(
PLMD::crystallization
)
Ensemble
(
PLMD::function
)
NumberOfLinks
(
PLMD::multicolvar
)
VectorSum
(
PLMD::crystallization
)
EnvironmentSimilarity
(
PLMD::crystallization
)
o
VesBias
(
PLMD::ves
)
ERMSD
(
PLMD
)
VesDeltaF
(
PLMD::ves
)
ERMSD
(
PLMD::colvar
)
OFile
(
PLMD
)
VesLinearExpansion
(
PLMD::ves
)
EuclideanDissimilarityMatrix
(
PLMD::analysis
)
OpenMP
(
PLMD
)
Vessel
(
PLMD::vesselbase
)
EuclideanDistance
(
PLMD
)
OpenMPVars
(
PLMD
)
VesselOptions
(
PLMD::vesselbase
)
Exception
(
PLMD
)
Operation
(
PLMD::lepton
)
VesselRegister
(
PLMD::vesselbase
)
Plumed::Exception
(
PLMD
)
OPESexpanded
(
PLMD::opes
)
VesTools
(
PLMD::ves
)
Exception
(
PLMD::lepton
)
OPESmetad
(
PLMD::opes
)
vmdplugin_t
(
PLMD::molfile
)
ExceptionDebug
(
PLMD
)
OPESmetad_c
(
PLMD::opes
)
Volume
(
PLMD::colvar
)
Plumed::ExceptionDebug
(
PLMD
)
OPESmetad_e
(
PLMD::opes
)
VolumeAround
(
PLMD::multicolvar
)
ExceptionError
(
PLMD
)
Opt_Adam
(
PLMD::ves
)
VolumeCavity
(
PLMD::multicolvar
)
Plumed::ExceptionError
(
PLMD
)
Opt_BachAveragedSGD
(
PLMD::ves
)
VolumeGradientBase
(
PLMD::multicolvar
)
ExceptionTypeError
(
PLMD
)
Opt_Dummy
(
PLMD::ves
)
VolumeInCylinder
(
PLMD::multicolvar
)
Plumed::ExceptionTypeError
(
PLMD
)
Opt_RobbinsMonroSGD
(
PLMD::ves
)
VolumeInEnvelope
(
PLMD::multicolvar
)
ExchangePatterns
(
PLMD
)
OptimalRMSD
(
PLMD
)
VolumeInSphere
(
PLMD::multicolvar
)
ExpansionCVs
(
PLMD::opes
)
Optimizer
(
PLMD::ves
)
VolumeTetrapore
(
PLMD::multicolvar
)
exploration
(
PLMD::opes
)
Optimizer
(
PLMD::maze
)
w
ExpressionProgram
(
PLMD::lepton
)
OptimizerBias
(
PLMD::maze
)
ExpressionTreeNode
(
PLMD::lepton
)
FuncPathMSD::ordering
(
PLMD::function
)
Stopwatch::Watch
(
PLMD
)
ExtendedLagrangian
(
PLMD::bias
)
OrderingVessel
(
PLMD::vesselbase
)
WaveletGrid
(
PLMD::ves
)
External
(
PLMD::bias
)
OrientationSphere
(
PLMD::crystallization
)
WeightBase
(
PLMD
)
ExtraCV
(
PLMD::colvar
)
OutputBasisFunctions
(
PLMD::ves
)
WellTemperedModifer
(
PLMD::ves
)
f
OutputCluster
(
PLMD::adjmat
)
WhamHistogram
(
PLMD::analysis
)
OutputColvarFile
(
PLMD::analysis
)
WhamWeights
(
PLMD::analysis
)
F1dim
(
PLMD
)
OutputFesBias
(
PLMD::ves
)
WholeMolecules
(
PLMD::generic
)
FakeFrame
(
PLMD
)
OutputPCAProjection
(
PLMD::dimred
)
WithCmd
(
PLMD
)
FarthestPointSampling
(
PLMD::analysis
)
OutputPDBFile
(
PLMD::analysis
)
WrapAround
(
PLMD::generic
)
Fccubic
(
PLMD::crystallization
)
OutputTargetDistribution
(
PLMD::ves
)
x
FermiSwitchingFunction
(
PLMD::ves
)
p
FesWeight
(
PLMD::ves
)
XAngles
(
PLMD::multicolvar
)
IFile::Field
(
PLMD
)
FuncPathGeneral::pairordering
(
PLMD::function
)
XDistances
(
PLMD::multicolvar
)
OFile::Field
(
PLMD
)
FuncPathMSD::pairordering
(
PLMD::function
)
XDR
(
PLMD::xdrfile
)
FileBase::FieldBase
(
PLMD
)
PAMM
(
PLMD::pamm
)
XDR::xdr_ops
(
PLMD::xdrfile
)
FileBase
(
PLMD
)
PammObject
(
PLMD::pamm
)
XDRFILE
(
PLMD::xdrfile
)
FilesHandler
(
PLMD::function
)
ParabetaRMSD
(
PLMD::secondarystructure
)
XYDistances
(
PLMD::multicolvar
)
FilterBetween
(
PLMD::multicolvar
)
ParsedExpression
(
PLMD::lepton
)
XYTorsion
(
PLMD::multicolvar
)
FilterLess
(
PLMD::multicolvar
)
Parser
(
PLMD::lepton
)
z
FilterMore
(
PLMD::multicolvar
)
ParseToken
(
PLMD::lepton
)
FindContour
(
PLMD::gridtools
)
Path
(
PLMD::mapping
)
ZpathVessel
(
PLMD::mapping
)
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