AboutCustomMenu	limmaGUI
AboutLimmaGUI	limmaGUI
AboutNormalization	limmaGUI
addMenuItem	limmaGUI
BChelp	limmaGUI
ChooseContrastsParameterization	limmaGUI
chooseDir	limmaGUI
ChooseEbayesStatistic	limmaGUI
ChooseParameterization	limmaGUI
ChoosePlotSymbolByClicking	limmaGUI
ChooseSpotType	limmaGUI
ComputeContrasts	limmaGUI
ComputeLinearModel	limmaGUI
ComputeLinearModelFit	limmaGUI
CopyGraph	limmaGUI
CreateNewParameterization	limmaGUI
CreateTreeAndList	limmaGUI
DeleteContrastsParameterization	limmaGUI
DeleteCustomMenuItem	limmaGUI
deleteItemFromList	limmaGUI
DeleteParameterization	limmaGUI
DupCorBoxPlot	limmaGUI
ebayesBoxPlots	limmaGUI
evalRcode	limmaGUI
ExportAvalues	limmaGUI
ExportHTMLreport	limmaGUI
ExportMvalues	limmaGUI
ExportTopTable	limmaGUI
fixSeps	limmaGUI
GetBackgroundCorrectionMethod	limmaGUI
GetBetweenArrayNormalizationMethod	limmaGUI
GetCoef	limmaGUI
GetComponentsToExportInHTMLreport	limmaGUI
GetContrastsParameterizationName	limmaGUI
GetContrastsParameterizationNames	limmaGUI
GetCustomMenuItemNum	limmaGUI
GetDEcutoff	limmaGUI
GetDesignOrContrasts	limmaGUI
GetGeneLabelsOptions	limmaGUI
GetGenePixFlagWeightings	limmaGUI
GetImageAnalysisColumnHeadings	limmaGUI
GetImageProcessingFileType	limmaGUI
GetJpegOrPngParams	limmaGUI
GetJpegOrPngX11Params	limmaGUI
GetlimmaDataSetName	limmaGUI
GetlmFitMethod	limmaGUI
GetLowessType	limmaGUI
GetMenuName	limmaGUI
GetNEWxlim	limmaGUI
GetNumParametersNoTargets	limmaGUI
getPackageVersion	limmaGUI
GetParameterizationName	limmaGUI
GetParameterNames	limmaGUI
GetParametersAndOrContrasts	limmaGUI
GetPlotLabels	limmaGUI
GetPlotSize	limmaGUI
GetPlotTitle	limmaGUI
GetPValueCutoff	limmaGUI
GetReducedDuplicateSpacing	limmaGUI
GetRNATypesFrom.ContrastsFromDropDowns.String	limmaGUI
GetSlideNum	limmaGUI
GetSpotTypesForLinearModel	limmaGUI
GetSpotTypesIncludedNames	limmaGUI
GetWithinArrayNormalizationMethod	limmaGUI
GetWtAreaParams	limmaGUI
GetWtFlagParams	limmaGUI
HeatDiagramDialog	limmaGUI
HeatDiagramPlot	limmaGUI
HowManyDups	limmaGUI
HTMLplotUsingFunction	limmaGUI
ImageArrayPlot	limmaGUI
ImageArrayPlotDialog	limmaGUI
imageplotlimmaGUI	limmaGUI
ImportMA	limmaGUI
ImportMADialog	limmaGUI
initGlobals	limmaGUI
InitNewParameterization	limmaGUI
limmaGUI	limmaGUI
limmaGUIhelp	limmaGUI
limmaHelp	limmaGUI
lmFitMethodHelp	limmaGUI
LogOddsPlot	limmaGUI
MAPlot	limmaGUI
MAPlotAvg	limmaGUI
MBoxPlot	limmaGUI
MMPlot	limmaGUI
NewLimmaFile	limmaGUI
NormalizeNow	limmaGUI
nstrstr	limmaGUI
onDestroy	limmaGUI
onExit	limmaGUI
OpenALimmaFile	limmaGUI
OpenGALandTargetsandSpotTypesfiles	limmaGUI
OpenGALFile	limmaGUI
OpenLimmaFile	limmaGUI
OpenSpotTypesFile	limmaGUI
OpenTargetsFile	limmaGUI
plotMAColorCoded	limmaGUI
PlotOptions	limmaGUI
PrintTipGroupMAPlot	limmaGUI
QQTplot	limmaGUI
read.marrayTools	limmaGUI
readGALlimmaGUI	limmaGUI
ReadImageProcessingFiles	limmaGUI
Require	limmaGUI
Resize	limmaGUI
SaveAsLimmaFile	limmaGUI
SaveGraphAsJpeg	limmaGUI
SaveGraphAsPDF	limmaGUI
SaveGraphAsPNG	limmaGUI
SaveGraphAsPostscript	limmaGUI
SaveLimmaFile	limmaGUI
SelectPlotSymbols	limmaGUI
SetLayoutParameters	limmaGUI
SetupPlotKeyBindings	limmaGUI
SetupPlotMenus	limmaGUI
SetWD	limmaGUI
showGAL	limmaGUI
showTopTable	limmaGUI
SimplifyContrastsExpression	limmaGUI
strstr	limmaGUI
tclArrayVar	limmaGUI
TclRequire	limmaGUI
Try	limmaGUI
TryReadImgProcFile	limmaGUI
UpdateSpotTypesStatus	limmaGUI
UpDownOrBoth	limmaGUI
vennDiagramlimmaGUI	limmaGUI
VennDiagramPlot	limmaGUI
ViewDesignOrContrastsMatrixAsPairs	limmaGUI
ViewDesignOrContrastsMatrixInTable	limmaGUI
ViewExistingContrastsParameterization	limmaGUI
ViewExistingParameterization	limmaGUI
ViewRNATargets	limmaGUI
ViewSpotTypes	limmaGUI
WithinBetweenOrBoth	limmaGUI
wtflags2	limmaGUI
