R: Function to create a DNAcopy object for plot functions.

toDNAcopyObj {fastseg}

R Documentation

Function to create a DNAcopy object for plot functions.

Description

Function to create a DNAcopy object for plot functions.

Usage

  toDNAcopyObj(segData, chrom, maploc, genomdat,
    sampleNames)

Arguments

`segData`	The results of the segmentation.
`chrom`	The vector of the chromosomes from the original data.
`maploc`	A vector with the physical positions of the original data.
`genomdat`	A matrix with the original data.
`sampleNames`	The sample names of the original data.

Value

An DNAcopy equivalent object.

Author(s)

Andreas Mitterecker

Examples

library(fastseg)

#####################################################################
### the data
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data(coriell)
head(coriell)

samplenames <- colnames(coriell)[4:5]
data <- as.matrix(coriell[4:5])
data[is.na(data)] <- median(data, na.rm=TRUE)
chrom <- coriell$Chromosome
maploc <- coriell$Position


###########################################################
## GRanges
###########################################################

library("GenomicRanges")

## with both individuals
gr <- GRanges(seqnames=chrom,
        ranges=IRanges(maploc, end=maploc))
mcols(gr) <- data
colnames(mcols(gr)) <- samplenames
res <- fastseg(gr)

segres <- toDNAcopyObj(
        segData     = res,
        chrom       = as.character(seqnames(gr)),
        maploc      = as.numeric(start(gr)),
        genomdat    = data,
        sampleNames = samplenames)

## with one individual
gr2 <- gr
data2 <- as.matrix(data[, 1])
colnames(data2) <- "sample1"
mcols(gr2) <- data2
res <- fastseg(gr2)

segres <- toDNAcopyObj(
        segData     = res,
        chrom       = as.character(seqnames(gr)),
        maploc      = as.numeric(start(gr)),
        genomdat    = as.matrix(data2),
        sampleNames = unique(mcols(res)$ID))


###########################################################
## vector
###########################################################
data2 <- data[, 1]
res <- fastseg(data2)
segres <- toDNAcopyObj(
        segData     = res,
        chrom       = rep(1, length(data2)),
        maploc      = 1:length(data2),
        genomdat    = as.matrix(data2),
        sampleNames = "sample1")


###########################################################
## matrix
###########################################################
data2 <- data[1:400, ]
res <- fastseg(data2)
segres <- toDNAcopyObj(
        segData     = res,
        chrom       = rep(1, nrow(data2)),
        maploc      = 1:nrow(data2),
        genomdat    = as.matrix(data2),
        sampleNames = colnames(data2))



#####################################################################
### plot the segments
#####################################################################

library(DNAcopy)
plot(segres)

[Package fastseg version 1.28.0 Index]