###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
#line 38 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
options(width=80)


###################################################
### chunk number 2:  eval=FALSE
###################################################
## #line 71 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") # Sources the biocLite.R installation script.
## biocLite("ChemmineR") # Installs the package.


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
#line 78 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
library("ChemmineR") # Loads the package


###################################################
### chunk number 4:  eval=FALSE
###################################################
## #line 81 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## library(help="ChemmineR") # Lists all functions and classes 
## vignette("ChemmineR") # Opens this PDF manual from R


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
#line 90 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
data(sdfsample)
sdfset <- sdfsample
sdfset # Returns summary of SDFset
sdfset[1:4] # Subsetting of object 
sdfset[[1]] # Returns summarized content of one SDF


###################################################
### chunk number 6:  eval=FALSE
###################################################
## #line 96 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## view(sdfset[1:4]) # Returns summarized content of many SDFs, not printed here
## as(sdfset[1:4], "list") # Returns complete content of many SDFs, not printed here


###################################################
### chunk number 7:  eval=FALSE
###################################################
## #line 102 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdfset <- read.SDFset("http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/
##                        R_BioCond/Samples/sdfsample.sdf")


###################################################
### chunk number 8:  eval=FALSE
###################################################
## #line 108 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## header(sdfset[1:4]) # Not printed here


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
#line 110 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
header(sdfset[[1]])


###################################################
### chunk number 10:  eval=FALSE
###################################################
## #line 112 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## atomblock(sdfset[1:4]) # Not printed here


###################################################
### chunk number 11: 
###################################################
#line 114 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
atomblock(sdfset[[1]])[1:4,]


###################################################
### chunk number 12:  eval=FALSE
###################################################
## #line 116 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## bondblock(sdfset[1:4]) # Not printed here


###################################################
### chunk number 13: 
###################################################
#line 118 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
bondblock(sdfset[[1]])[1:4,] 


###################################################
### chunk number 14:  eval=FALSE
###################################################
## #line 120 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## datablock(sdfset[1:4]) # Not printed here


###################################################
### chunk number 15: 
###################################################
#line 122 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
datablock(sdfset[[1]])[1:4]


###################################################
### chunk number 16: 
###################################################
#line 127 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
cid(sdfset)[1:4] # Returns IDs from SDFset object
sdfid(sdfset)[1:4] # Returns IDs from SD file header block
unique_ids <- makeUnique(sdfid(sdfset))
cid(sdfset) <- unique_ids


###################################################
### chunk number 17: 
###################################################
#line 135 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
blockmatrix <- datablock2ma(datablocklist=datablock(sdfset))
   # Converts data block to matrix   
numchar <- splitNumChar(blockmatrix=blockmatrix) 
   # Splits to numeric and character matrix
numchar[[1]][1:2,1:2] # Slice of numeric matrix
numchar[[2]][1:2,10:11] # Slice of character matrix


###################################################
### chunk number 18: 
###################################################
#line 145 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
propma <- data.frame(MF=MF(sdfset), MW=MW(sdfset), atomcountMA(sdfset))
propma[1:4, ]


###################################################
### chunk number 19: 
###################################################
#line 151 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
datablock(sdfset) <- propma
datablock(sdfset[1])


###################################################
### chunk number 20:  eval=FALSE
###################################################
## #line 157 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## grepSDFset("650001", sdfset, field="datablock", mode="subset") 
##    # Returns summary view of matches. Not printed here.
## .


###################################################
### chunk number 21: 
###################################################
#line 162 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
grepSDFset("650001", sdfset, field="datablock", mode="index") 


###################################################
### chunk number 22:  eval=FALSE
###################################################
## #line 167 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf", sig=TRUE)


###################################################
### chunk number 23: plotstruct
###################################################
#line 172 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
plot(sdfset[1:4], print=FALSE) # Plots structures to R graphics device


###################################################
### chunk number 24:  eval=FALSE
###################################################
## #line 176 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdf.visualize(sdfset[1:4]) # Compound viewing in web browser


###################################################
### chunk number 25:  eval=FALSE
###################################################
## #line 187 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## apset <- sdf2ap(sdfset) 
##    # Generate atom pair descriptor database for searching
## .


###################################################
### chunk number 26: 
###################################################
#line 192 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
data(apset)
   # Load sample apset data provided by library.
cmp.search(apset, apset[1], type=3, cutoff = 0.3, quiet=TRUE) 
   # Search apset database with single compound.
cmp.cluster(db=apset, cutoff = c(0.65, 0.5), quiet=TRUE)[1:4,] 
   # Binning clustering using variable similarity cutoffs.


###################################################
### chunk number 27:  eval=FALSE
###################################################
## #line 290 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdfset <- read.SDFset("http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/
##                        R_BioCond/Samples/sdfsample.sdf")


###################################################
### chunk number 28: 
###################################################
#line 294 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
data(sdfsample) # Loads the same SDFset provided by the library
sdfset <- sdfsample 
valid <- validSDF(sdfset) # Identifies invalid SDFs in SDFset objects
sdfset <- sdfset[valid] # Removes invalid SDFs, if there are any


###################################################
### chunk number 29:  eval=FALSE
###################################################
## #line 302 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdfstr <- read.SDFstr("http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/
##                        R_BioCond/Samples/sdfsample.sdf")


###################################################
### chunk number 30: 
###################################################
#line 307 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
sdfstr <- as(sdfset, "SDFstr")
sdfstr
as(sdfstr, "SDFset") 


###################################################
### chunk number 31:  eval=FALSE
###################################################
## #line 316 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf")


###################################################
### chunk number 32:  eval=FALSE
###################################################
## #line 321 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf", sig=TRUE, cid=TRUE, db=NULL)


###################################################
### chunk number 33:  eval=FALSE
###################################################
## #line 326 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## props <- data.frame(MF=MF(sdfset), MW=MW(sdfset), atomcountMA(sdfset))
## datablock(sdfset) <- props
## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf", sig=TRUE, cid=TRUE)


###################################################
### chunk number 34:  eval=FALSE
###################################################
## #line 333 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdf2str(sdf=sdfset[[1]], sig=TRUE, cid=TRUE) 
##    # Uses default components
## sdf2str(sdf=sdfset[[1]], head=letters[1:4], db=NULL) 
##    # Uses custom components for header and data block


###################################################
### chunk number 35:  eval=FALSE
###################################################
## #line 341 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf", sig=TRUE, cid=TRUE, db=NULL)
## write.SDF(sdfstr[1:4], file="sub.sdf")
## cat(unlist(as(sdfstr[1:4], "list")), file="sub.sdf", sep="\n")


###################################################
### chunk number 36:  eval=FALSE
###################################################
## #line 351 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## view(sdfset[1:4]) # Summary view of several molecules
## length(sdfset) # Returns number of molecules
## sdfset[[1]] # Returns single molecule from SDFset as SDF object
## sdfset[[1]][[2]] # Returns atom block from first compound as matrix
## sdfset[[1]][[2]][1:4,] 
## c(sdfset[1:4], sdfset[5:8]) # Concatenation of several SDFsets


###################################################
### chunk number 37:  eval=FALSE
###################################################
## #line 361 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## grepSDFset("650001", sdfset, field="datablock", mode="subset") 
##    # To return index, set mode="index")
## .


###################################################
### chunk number 38:  eval=FALSE
###################################################
## #line 368 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdfid(sdfset[1:4])
##    # Retrieves CMP IDs from Molecule Name field in header block.
## cid(sdfset[1:4])
##    # Retrieves CMP IDs from ID slot in SDFset.
## unique_ids <- makeUnique(sdfid(sdfset)) 
##    # Creates unique IDs by appending a counter to duplicates.
## cid(sdfset) <- unique_ids # Assigns uniquified IDs to ID slot


###################################################
### chunk number 39:  eval=FALSE
###################################################
## #line 379 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## view(sdfset[c("650001", "650012")])
## view(sdfset[4:1])
## mylog <- cid(sdfset) %in% c("650001", "650012")
## view(sdfset[mylog])


###################################################
### chunk number 40:  eval=FALSE
###################################################
## #line 387 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## atomblock(sdf); sdf[[2]]; sdf[["atomblock"]] 
##    # All three methods return the same component
## header(sdfset[1:4])
## atomblock(sdfset[1:4])
## bondblock(sdfset[1:4])
## datablock(sdfset[1:4])
## header(sdfset[[1]])
## atomblock(sdfset[[1]])
## bondblock(sdfset[[1]])
## datablock(sdfset[[1]])


###################################################
### chunk number 41:  eval=FALSE
###################################################
## #line 401 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdfset[[1]][[2]][1,1] <- 999
## atomblock(sdfset)[1] <- atomblock(sdfset)[2]
## datablock(sdfset)[1] <- datablock(sdfset)[2]


###################################################
### chunk number 42:  eval=FALSE
###################################################
## #line 408 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## datablock(sdfset) <- as.matrix(iris[1:100,])
## view(sdfset[1:4])


###################################################
### chunk number 43:  eval=FALSE
###################################################
## #line 414 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## as(sdfstr[1:2], "list") 
## as(sdfstr[[1]], "SDF")
## as(sdfstr[1:2], "SDFset")


###################################################
### chunk number 44:  eval=FALSE
###################################################
## #line 421 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdfcomplist <- as(sdf, "list")
## sdfcomplist <- as(sdfset[1:4], "list"); as(sdfcomplist[[1]], "SDF")
## sdflist <- as(sdfset[1:4], "SDF"); as(sdflist, "SDFset")
## as(sdfset[[1]], "SDFstr")
## as(sdfset[[1]], "SDFset")


###################################################
### chunk number 45:  eval=FALSE
###################################################
## #line 430 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## as(sdfset[1:4], "SDF")
## as(sdfset[1:4], "list")
## as(sdfset[1:4], "SDFstr")


###################################################
### chunk number 46: boxplot
###################################################
#line 440 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
propma <- atomcountMA(sdfset)
boxplot(propma, col="blue", main="Atom Frequency")


###################################################
### chunk number 47:  eval=FALSE
###################################################
## #line 445 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## boxplot(rowSums(propma), main="All Atom Frequency")   


###################################################
### chunk number 48: 
###################################################
#line 450 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
data(atomprop)
atomprop[1:4,] 


###################################################
### chunk number 49:  eval=FALSE
###################################################
## #line 456 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## MW(sdfset[1:4]); MF(sdfset[1:4])
## propma <- data.frame(MF=MF(sdfset), MW=MW(sdfset), atomcountMA(sdfset)); propma[1:4,]
## datablock(sdfset) <- propma # Works with all SDF components
## test <- apply(propma[1:4,], 1, function(x) data.frame(col=colnames(propma), value=x))
## sdf.visualize(sdfset[1:4], extra = test)


###################################################
### chunk number 50: 
###################################################
#line 465 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
datablock(sdfset) <- propma
datablock(sdfset)[1:4]


###################################################
### chunk number 51:  eval=FALSE
###################################################
## #line 471 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_NIST_INCHI")
## datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_OPENEYE_CAN_SMILES")


###################################################
### chunk number 52:  eval=FALSE
###################################################
## #line 477 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## blockmatrix <- datablock2ma(datablocklist=datablock(sdfset)) 
##    # Converts data block to matrix 
## numchar <- splitNumChar(blockmatrix=blockmatrix) 
##    # Splits matrix to numeric matrix and character matrix
## numchar[[1]][1:4,]; numchar[[2]][1:4,] 
##    # Splits matrix to numeric matrix and character matrix
## .


###################################################
### chunk number 53: contable eval=FALSE
###################################################
## #line 490 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## conMA(sdfset[1:2], exclude=c("H"))
##    # Create bond matrix for first two molecules in sdfset
## conMA(sdfset[[1]], exclude=c("H"))
##    # Return bond matrix for first molecule
## plot(sdfset[1], atomnum = TRUE, noHbonds=FALSE , no_print_atoms = "", atomcex=0.8)
##    # Plot its structure with atom numbering
## rowSums(conMA(sdfset[[1]], exclude=c("H")))
##    # Return number of non-H bonds for each atom
## .


###################################################
### chunk number 54: plotstruct2
###################################################
#line 508 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
data(sdfsample); sdfset <- sdfsample
plot(sdfset[1:4], print=FALSE) # 'print=TRUE' returns SDF summaries


###################################################
### chunk number 55:  eval=FALSE
###################################################
## #line 514 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## plot(sdfset[1:4], griddim=c(2,2), print_cid=letters[1:4], print=FALSE, 
##      noHbonds=FALSE)


###################################################
### chunk number 56: plotstruct3
###################################################
#line 518 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
plot(sdfset["CMP1"], atomnum = TRUE,  noHbonds=F , no_print_atoms = "", 
     atomcex=0.8, sub=paste("MW:", MW(sdfsample["CMP1"])), print=FALSE)


###################################################
### chunk number 57:  eval=FALSE
###################################################
## #line 529 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdf.visualize(sdfset[1:4])


###################################################
### chunk number 58:  eval=FALSE
###################################################
## #line 540 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdf.visualize(sdfset[1:4], extra=month.name[1:4])


###################################################
### chunk number 59:  eval=FALSE
###################################################
## #line 545 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## extra <- apply(propma[1:4,], 1, function(x) 
##          data.frame(Property=colnames(propma), Value=x))
## sdf.visualize(sdfset[1:4], extra=extra)


###################################################
### chunk number 60:  eval=FALSE
###################################################
## #line 552 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdf.visualize(sdfset[1:4], extra=bondblock(sdfset[1:4]))


###################################################
### chunk number 61: 
###################################################
#line 563 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
ap <- sdf2ap(sdfset[[1]]) # For single compound
ap


###################################################
### chunk number 62:  eval=FALSE
###################################################
## #line 566 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## apset <- sdf2ap(sdfset) # For many compounds. 


###################################################
### chunk number 63: 
###################################################
#line 568 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
view(apset[1:4])


###################################################
### chunk number 64:  eval=FALSE
###################################################
## #line 573 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## cid(apset[1:4]) # Compound IDs
## ap(apset[1:4]) # Atom pair descriptors
## db.explain(apset[1]) # Return atom pairs in human readable format


###################################################
### chunk number 65:  eval=FALSE
###################################################
## #line 580 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## apset2descdb(apset) # Returns old list-style AP database
## tmp <- as(apset, "list") # Returns list
## as(tmp, "APset") # Converts list back to APset


###################################################
### chunk number 66:  eval=FALSE
###################################################
## #line 590 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## save(sdfset, file = "sdfset.rda", compress = TRUE)
## load("sdfset.rda")
## save(apset, file = "apset.rda", compress = TRUE)
## load("apset.rda")


###################################################
### chunk number 67: 
###################################################
#line 599 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
cmp.similarity(apset[1], apset[2])
cmp.similarity(apset[1], apset[1])


###################################################
### chunk number 68: 
###################################################
#line 608 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
cid(sdfset) <- sdfid(sdfset)
fpset <- fp2bit(x=sdfset, type=1) 
fpset <- fp2bit(x=sdfset, type=2)


###################################################
### chunk number 69: 
###################################################
#line 615 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
fpSim(x=fpset[1,], y=fpset[2,])


###################################################
### chunk number 70: 
###################################################
#line 621 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
cmp.search(apset, apset["650065"], type=3, cutoff = 0.3, quiet=TRUE) 


###################################################
### chunk number 71: 
###################################################
#line 625 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
cmp.search(apset, apset["650065"], type=1, cutoff = 0.3, quiet=TRUE) 
cmp.search(apset, apset["650065"], type=2, cutoff = 0.3, quiet=TRUE) 


###################################################
### chunk number 72: 
###################################################
#line 632 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
fpSim(x=fpset["650065",], y=fpset)[1:6] # x is query and y is fingerprint database


###################################################
### chunk number 73: search_result
###################################################
#line 640 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
cid(sdfset) <- cid(apset) # Assure compound name consistency among objects.
plot(sdfset[names(cmp.search(apset, apset["650065"], type=2, cutoff=4, 
     quiet=TRUE))], print=FALSE)


###################################################
### chunk number 74:  eval=FALSE
###################################################
## #line 647 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## similarities <- cmp.search(apset, apset[1], type=3, cutoff = 10)
## sdf.visualize(sdfset[similarities[,1]], extra=similarities[,3])


###################################################
### chunk number 75: 
###################################################
#line 661 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
cmp.duplicated(apset, type=1)[1:4] # Returns AP duplicates as logical vector
cmp.duplicated(apset, type=2)[1:4,] # Returns AP duplicates as data frame


###################################################
### chunk number 76: duplicates
###################################################
#line 667 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
plot(sdfset[c("650059","650060", "650065", "650066")], print=FALSE)


###################################################
### chunk number 77: 
###################################################
#line 672 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
apdups <- cmp.duplicated(apset, type=1)
sdfset[which(!apdups)]; apset[which(!apdups)]


###################################################
### chunk number 78: 
###################################################
#line 683 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
count <- table(datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_NIST_INCHI"))
count <- table(datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_OPENEYE_CAN_SMILES"))
count <- table(datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_MOLECULAR_FORMULA"))
count[1:4]


###################################################
### chunk number 79: 
###################################################
#line 717 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
clusters <- cmp.cluster(db=apset, cutoff = c(0.65, 0.5, 0.4), quiet = TRUE)
clusters[1:4,]


###################################################
### chunk number 80: 
###################################################
#line 723 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
cluster.sizestat(clusters, cluster.result=1)
cluster.sizestat(clusters, cluster.result=2)
cluster.sizestat(clusters, cluster.result=3)


###################################################
### chunk number 81:  eval=FALSE
###################################################
## #line 730 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## clusters <- cmp.cluster(db=apset, cutoff = c(0.65, 0.5, 0.3), 
##                         save.distances="distmat.rda") 
##    # Saves distance matrix to file "distmat.rda" in current working directory.
## load("distmat.rda") # Loads distance matrix.


###################################################
### chunk number 82:  eval=FALSE
###################################################
## #line 746 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## cluster.visualize(apset, clusters, size.cutoff=2, quiet = TRUE) 
##    # Color codes clusters with at least two members.
## cluster.visualize(apset, clusters, quiet = TRUE) # Plots all items.


###################################################
### chunk number 83: mds_scatter
###################################################
#line 753 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
library(scatterplot3d)
coord <- cluster.visualize(apset, clusters, size.cutoff=1, dimensions=3, quiet=TRUE)
scatterplot3d(coord)


###################################################
### chunk number 84:  eval=FALSE
###################################################
## #line 760 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## library(rgl)
## rgl.open(); offset <- 50; par3d(windowRect=c(offset, offset, 640+offset, 640+offset))
## rm(offset); rgl.clear(); rgl.viewpoint(theta=45, phi=30, fov=60, zoom=1)
## spheres3d(coord[,1], coord[,2], coord[,3], radius=0.03, color=coord[,4], alpha=1, 
## shininess=20); aspect3d(1, 1, 1)
## axes3d(col='black'); title3d("", "", "", "", "", col='black'); bg3d("white") 
##    # To save a snapshot of the graph, one can use the command rgl.snapshot("test.png").


###################################################
### chunk number 85: mds_scatter
###################################################
#line 776 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
dummy <- cmp.cluster(db=apset, cutoff=0, save.distances="distmat.rda", quiet=TRUE)
load("distmat.rda")


###################################################
### chunk number 86: hclust
###################################################
#line 782 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
hc <- hclust(as.dist(distmat), method="single")
hc[["labels"]] <- cid(apset) # Assign correct item labels
plot(as.dendrogram(hc), edgePar=list(col=4, lwd=2), horiz=T) 


###################################################
### chunk number 87: fp_hclust eval=FALSE
###################################################
## #line 789 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## simMA <- sapply(rownames(fpset), function(x) fpSim(x=fpset[x,], fpset)) 
## hc <- hclust(as.dist(simMA), method="single")  
## plot(as.dendrogram(hc), edgePar=list(col=4, lwd=2), horiz=TRUE)


###################################################
### chunk number 88: heatmap
###################################################
#line 796 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
library(gplots)
heatmap.2(1-distmat, Rowv=as.dendrogram(hc), Colv=as.dendrogram(hc), 
          col=colorpanel(40, "darkblue", "yellow", "white"), 
          density.info="none", trace="none")


###################################################
### chunk number 89: getIds eval=FALSE
###################################################
## #line 813 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## compounds <- getIds(c(111,123))
## compounds


###################################################
### chunk number 90: getIds eval=FALSE
###################################################
## #line 828 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## compounds <- searchString("CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O")
## compounds


###################################################
### chunk number 91: getIds eval=FALSE
###################################################
## #line 840 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## data(sdfsample); sdfset <- sdfsample[1]
## compounds <- searchSim(sdfset)
## compounds


###################################################
### chunk number 92: sdf2smiles eval=FALSE
###################################################
## #line 854 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## data(sdfsample); sdfset <- sdfsample[1]
## smiles <- sdf2smiles(sdfset)
## smiles


###################################################
### chunk number 93: smiles2sdf eval=FALSE
###################################################
## #line 862 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
## sdf <- smiles2sdf("CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O\tname")
## view(sdf)


###################################################
### chunk number 94: sessionInfo
###################################################
#line 873 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/RtmpagYtCi/R.INSTALL71821e84/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw"
sessionInfo()


