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### chunk number 1: CGHnormaliterPackage
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#line 13 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw"
options(keep.source=TRUE)
CGHnormaliterPackage <- packageDescription("CGHnormaliter")


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### chunk number 2: loadData
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#line 85 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw"
library(CGHnormaliter)
data(Leukemia)


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### chunk number 3: runCGHnormaliter
###################################################
#line 93 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw"
result <- CGHnormaliter(Leukemia, nchrom=3)


###################################################
### chunk number 4: accessResults
###################################################
#line 118 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw"
normalized.data <- copynumber(result)
segmented.data <- segmented(result)
called.data <- calls(result)


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### chunk number 5: plotCommand
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#line 128 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw"
plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1)


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### chunk number 6: callFigure
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#line 134 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw"
#line 128 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw#from line#134#"
plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1)
#line 135 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw"


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### chunk number 7: saveNormalizedData
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#line 148 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw"
CGHnormaliter.write.table(result)


###################################################
### chunk number 8: saveOtherData
###################################################
#line 155 "E:/biocbld/bbs-2.7-bioc/tmpdir/Rtmpsr0YMw/R.INSTALL67f5659/CGHnormaliter/inst/doc/CGHnormaliter.Rnw"
CGHnormaliter.write.table(result, data.type="segmented")
CGHnormaliter.write.table(result, data.type="called")


