activeMod	activeMod
activeModScoreHTML	activeModScoreHTML
activeNet	activeNet
activeNetScoreHTML	activeNetScoreHTML
addGeneGrps	addGeneGrps
addPaths	addPaths
as	coerce-methods
as,maiges,MAList-method	coerce-methods
as,maiges,marrayNorm-method	coerce-methods
as,maigesRaw,marrayRaw-method	coerce-methods
as,maigesRaw,RGList-method	coerce-methods
as,MAList,maiges-method	coerce-methods
as,marrayNorm,maiges-method	coerce-methods
as,marrayRaw,maigesRaw-method	coerce-methods
as,RGList,maigesRaw-method	coerce-methods
bootstrapCor	bootstrapCor
bootstrapMI	bootstrapMI
bootstrapT	bootstrapT
boxplot	boxplot-methods
boxplot.maiges	boxplot-methods
boxplot.maigesANOVA	boxplot-methods
boxplot.maigesDEcluster	boxplot-methods
boxplot.maigesRaw	boxplot-methods
calcA	calcA
calcA.default	calcA
calcA.maigesRaw	calcA
calcW	calcW
calcW.default	calcW
calcW.maigesRaw	calcW
classifyKNN	classifyKNN
classifyKNNsc	classifyKNNsc
classifyLDA	classifyLDA
classifyLDAsc	classifyLDAsc
classifySVM	classifySVM
classifySVMsc	classifySVMsc
coerce,maiges,MAList-method	coerce-methods
coerce,maiges,marrayNorm-method	coerce-methods
coerce,maigesRaw,marrayRaw-method	coerce-methods
coerce,maigesRaw,RGList-method	coerce-methods
coerce,MAList,maiges-method	coerce-methods
coerce,marrayNorm,maiges-method	coerce-methods
coerce,marrayRaw,maigesRaw-method	coerce-methods
coerce,RGList,maigesRaw-method	coerce-methods
compCorr	compCorr
contrastsFitM	contrastsFitM
createMaigesRaw	createMaigesRaw
createTDMS	createTDMS
deGenes2by2BootT	deGenes2by2BootT
deGenes2by2Ttest	deGenes2by2Ttest
deGenes2by2Wilcox	deGenes2by2Wilcox
deGenesANOVA	deGenesANOVA
designANOVA	designANOVA
dim.maiges	dim-methods
dim.maigesANOVA	dim-methods
dim.maigesPreRaw	dim-methods
dim.maigesRaw	dim-methods
gastro	gastro
gastro.norm	gastro
gastro.raw	gastro
gastro.raw2	gastro
gastro.summ	gastro
getLabels	getLabels
getLabels.default	getLabels
getLabels.maigesDE	getLabels
getLabels.maigesDEcluster	getLabels
getLabels.MAList	getLabels
getLabels.marrayNorm	getLabels
getLabels.marrayRaw	getLabels
getLabels.RGList	getLabels
heatmapsM	heatmapsM
hierM	hierM
hierMde	hierMde
image	image-methods
image.maiges	image-methods
image.maigesActMod	image-methods
image.maigesActNet	image-methods
image.maigesANOVA	image-methods
image.maigesRaw	image-methods
image.maigesRelNetB	image-methods
image.maigesRelNetM	image-methods
kmeansM	kmeansM
kmeansMde	kmeansMde
loadData	loadData
maiges	maiges-class
maiges-class	maiges-class
maigesActMod	maigesActMod-class
maigesActMod-class	maigesActMod-class
maigesActNet	maigesActNet-class
maigesActNet-class	maigesActNet-class
maigesANOVA	maigesANOVA-class
maigesANOVA-class	maigesANOVA-class
maigesClass	maigesClass-class
maigesClass-class	maigesClass-class
maigesDE	maigesDE-class
maigesDE-class	maigesDE-class
maigesDEcluster	maigesDEcluster-class
maigesDEcluster-class	maigesDEcluster-class
maigesPreRaw	maigesPreRaw-class
maigesPreRaw-class	maigesPreRaw-class
maigesRaw	maigesRaw-class
maigesRaw-class	maigesRaw-class
maigesRelNetB	maigesRelNetB-class
maigesRelNetB-class	maigesRelNetB-class
maigesRelNetM	maigesRelNetM-class
maigesRelNetM-class	maigesRelNetM-class
MI	MI
normLoc	normLoc
normOLIN	normOLIN
normRepLoess	normRepLoess
normScaleLimma	normScaleLimma
normScaleMarray	normScaleMarray
plot	plot-methods
plot.maiges	plot-methods
plot.maigesActMod	plot-methods
plot.maigesActNet	plot-methods
plot.maigesANOVA	plot-methods
plot.maigesClass	plot-methods
plot.maigesDE	plot-methods
plot.maigesDEcluster	plot-methods
plot.maigesRaw	plot-methods
plot.maigesRelNetB	plot-methods
plot.maigesRelNetM	plot-methods
plotGenePair	plotGenePair
print	print-methods
print.maiges	print-methods
print.maigesActMod	print-methods
print.maigesActNet	print-methods
print.maigesANOVA	print-methods
print.maigesClass	print-methods
print.maigesDE	print-methods
print.maigesDEcluster	print-methods
print.maigesPreRaw	print-methods
print.maigesRaw	print-methods
print.maigesRelNetB	print-methods
print.maigesRelNetM	print-methods
relNet2TGF	relNet2TGF
relNet2TGF.maigesRelNetB	relNet2TGF
relNet2TGF.maigesRelNetM	relNet2TGF
relNetworkB	relNetworkB
relNetworkM	relNetworkM
robustCorr	robustCorr
selSpots	selSpots
show	show-methods
show,maiges-method	show-methods
show,maigesActMod-method	show-methods
show,maigesActNet-method	show-methods
show,maigesANOVA-method	show-methods
show,maigesClass-method	show-methods
show,maigesDE-method	show-methods
show,maigesDEcluster-method	show-methods
show,maigesPreRaw-method	show-methods
show,maigesRaw-method	show-methods
show,maigesRelNetB-method	show-methods
show,maigesRelNetM-method	show-methods
somM	somM
somMde	somMde
summarizeReplicates	summarizeReplicates
summary	summary-methods
summary.maiges	summary-methods
summary.maigesActMod	summary-methods
summary.maigesActNet	summary-methods
summary.maigesANOVA	summary-methods
summary.maigesClass	summary-methods
summary.maigesDE	summary-methods
summary.maigesDEcluster	summary-methods
summary.maigesPreRaw	summary-methods
summary.maigesRaw	summary-methods
summary.maigesRelNetB	summary-methods
summary.maigesRelNetM	summary-methods
tableClass	tableClass
tablesDE	tablesDE
[	bracketMethods
[,maiges-method	bracketMethods
[,maigesANOVA-method	bracketMethods
[,maigesPreRaw-method	bracketMethods
[,maigesRaw-method	bracketMethods
