### R code from vignette source 'cn.farms.Rnw'

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### code chunk number 1: cn.farms.Rnw:36-50
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options(width=80)
set.seed(0)
library(cn.farms)
farmsVers <- packageDescription("cn.farms")$Version

##  toy-data which is used for testing the vignette
load(system.file("exampleData/normData.RData", package="cn.farms"))
load(system.file("exampleData/slData.RData", package="cn.farms"))
notes(experimentData(normData))$annotDir <- 
		system.file("exampleData/annotation/pd.genomewidesnp.6/1.1.0",
				package="cn.farms")
cores <- 1
runtype <- "ff"
npData <- slData


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### code chunk number 2: cn.farms.Rnw:293-307
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summaryMethod <- "Variational"
summaryParam <- list()
summaryParam$cyc <- c(10)
callParam <- list(cores=cores, runtype=runtype)

slData <- slSummarization(normData, 
		summaryMethod=summaryMethod, 
		summaryParam=summaryParam,
		callParam=callParam,
		summaryWindow="std")

show(slData)
assayData(slData)$intensity[1:10, 1:5] ## intensity values
assayData(slData)$L_z[1:10, 1:5] ## relative values


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### code chunk number 3: cn.farms.Rnw:323-325
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combData <- combineData(slData, npData, runtype=runtype)
show(combData) 


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### code chunk number 4: cn.farms.Rnw:346-363
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windowMethod <- "std"
windowParam <- list()
windowParam$windowSize <- 5
windowParam$overlap <- TRUE
summaryMethod <- "Variational"
summaryParam <- list()
summaryParam$cyc <- c(20)
callParam <- list(cores=cores, runtype=runtype)
mlData <- mlSummarization(slData, 
		windowMethod =windowMethod, 
		windowParam  =windowParam, 
		summaryMethod=summaryMethod, 
		summaryParam =summaryParam, 
		callParam    =callParam)
names(assayData(mlData))
assayData(mlData)$intensity[1:10, 1:5]
assayData(mlData)$L_z[1:10, 1:5]


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### code chunk number 5: cn.farms.Rnw:370-378
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colnames(assayData(mlData)$L_z) <- sampleNames(mlData)
segments <- dnaCopySf(
		x        =assayData(mlData)$L_z[, 1:10], 
		chrom    =fData(mlData)$chrom, 
		maploc   =fData(mlData)$start, 
		cores    =cores, 
		smoothing=FALSE)
head(fData(segments))


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### code chunk number 6: cn.farms.Rnw:403-404
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sessionInfo()


