Durch die etwas unglückliche Namensgebung werden diese Sprachen häufig verwechsel: Java ist eine objektorientierte und plattformunabhängige Programmiersprache von Sun Microsystems. Sie wird häufig eingesetzt für kleinere Programme (so genannte Applets), die über das Internet ausgeführt werden, zum Beispiel für Onlinebanking, Chat oder elektronische Shops. JavaScript dagegen ist eine interpretierte Skriptsprache, die hauptsächlich für die dynamische Gestaltung von Webseiten zum Einsatz kommt (zum Beispiel für Menüs und andere Effekte).

Konqueror erlaubt Ihnen, diese beiden Sprachen ein- oder auszuschalten, sogar domain-spezifisch; das heisst für manche Rechner erlauben Sie den Zugriff, für andere nicht. Aus Sicherheitsgründen werden Java und JavaScript häufig deaktiviert. Leider setzen bestimmte Web-Seiten JavaScript für die Darstellung voraus, was bei manchen Seiten das Surfen erschwert.