Bei diesem traditionellen UNIX-Format (übrigens das Älteste) werden alle Mails in einer Datei gespeichert. Verzeichnisse werden ebenfalls durch einzelne Dateien simuliert. Jede Mail kann nur durch die From-Zeile unterschieden werden.

Im Gegensatz zum mbox-Format besitzt das MailDir-Format für jede Mail einen einzigartigen Dateinamen. Die Mails werden in den angelegten Unterverzeichnissen gespeichert und sind auf diese Weise sehr einfach zu identifizieren und einzeln weiterzuverarbeiten. Standardmäßig benutzt KMail dieses Format, allerdings wird es nicht oder noch nicht von vielen anderen E-Mail-Programmen unterstützt. Dies erschwert gegebenenfalls eine spätere Umstellung auf ein anderes Mailprogramm. Dagegen lassen sich Nachrichten im mbox-Format ganz einfach in einen MailDir-Ordner verschieben und verwenden.